Михаил Николаевич Гернет родился в городе Ардатове Симбирской губернии (ныне Мордовия) в 1874 году 12 июля по старому стилю. Его отец, дворянин с английскими корнями, служил титулярным советником в Симбирской удельной конторе, которую возглавлял крёстный отец Ленина – Арсений Фёдорович Белокрысенко. Мать, Надежда Николаевна, была народной учительницей. На момент рождения Михаила его отец отбывал административно-политическую ссылку после заключения в Петропавловской крепости.
С 1887 по 1893 год Михаил учился в Симбирской классической гимназии. После её окончания он поступил на юридический факультет Московского университета. В 1897 году он окончил университет одним из лучших выпускников факультета и был удостоен золотой медали за дипломную работу «О влиянии юного возраста на уголовную ответственность». Гернет был оставлен в университете для подготовки к профессорскому званию по кафедре уголовного права.
В том же 1897 году в «Юридической газете» была опубликована первая статья Михаила Николаевича «Вопросы адвокатской этики». Одновременно Гернет начинает работать в университете помощником присяжного поверенного. В 1898 году он был удостоен стипендии Ушакова. В 1899 году на юридическом факультете Московского университета по инициативе Михаила Николаевича был создан «Криминальный музей».
В 1902 году Гернет сдаёт магистрантские экзамены, читает лекции на юридическом факультете своего университета и получает звание приват-доцента. С 1902 по 1904 годы Михаил Николаевич находится в научной командировке за границей: в Италии, Германии, Франции, Швейцарии. Там он знакомится с научной иностранной литературой, осматривает тюрьмы, посещает криминологические музеи, а также бывает на занятиях профессора Франца фон Листа – известного австрийского и немецкого юриста. Кроме того, Гернет сам читает лекции в высшей школе социальных наук для эмигрантов в Париже. Знания и опыт, полученные в этой поездке, учёный воплощает в конкретные дела на благо России, а затем СССР.
По возвращении на родину Михаил Николаевич почти восемь лет служит приват-доцентом Московского университета. В это же время он становится заведующим университетским музеем и переименовывает его в Музей уголовного права.
После событий 1905 года по стране прокатилась волна казней. Гернет, как учёный и гражданин, повёл последовательную борьбу против смертной казни. Под редакцией Михаила Гернета, Онисима Гольдовского, Ивана Сахарова в 1905 году выходит сборник статей «Против смертной казни», в рамках которого издана статья «Борьба русского народа против смертной казни» и список приговорённых к смертной казни за 1826–1906 годы. В 1905 году также под редакцией Гернета издан сборник статей «Мнения русских криминалистов о смертной казни».
В 1913 году Гернет публикует монографию «Смертная казнь». В этой работе он анализирует общественное мнение о смертной казни в конце XIX – начале XX веков и изучает действующее законодательство. В книге представлены статистические данные о казнях в разных странах и способах их проведения на протяжении истории.
Гернет собирает ценные сведения о смертной казни в России, так как официальной статистики по этому вопросу не было, и информацию приходилось собирать из разных источников. Он приводит статистику приговоров и казней по политическим мотивам, включая восстание декабристов, польские восстания 1830–1831 и 1863–1864 годов, раскрытие кружка Петрашевцев, борьбу с революционным террором конца 1870-х – начала 1880-х годов и революцию 1905–1907 годов.
Из этих данных видно, что в европейских странах наблюдается тенденция к отмене смертной казни. В России её применение значительно возрастает во время первой революции. В 1908 году, когда происходит пик расправ над революционерами, казнят 1340 человек, что превышает общее количество осуждённых преступников в том же году в 34 странах мира вместе взятых. Уровень применения смертной казни остаётся стабильно высоким в США.
В монографии Гернет оценивает смертную казнь как метод борьбы с преступностью и доказывает её неэффективность. Основываясь на статистических данных, автор показывает, что в странах, где смертная казнь была отменена во второй половине XIX века, уровень преступности по статьям, ранее предусматривавшим высшую меру наказания, снижается, вопреки ожиданиям. Также приводятся примеры судебных ошибок, в результате которых погибли невиновные люди.
11 января 1911 года российский Совет министров принимает постановление «О недопущении студенческих собраний в высших учебных заведениях и обязательстве полицейских чинов принимать быстрые и решительные меры против них». В знак протеста против политики министра народного просвещения многие профессора и приват-доценты, включая 107 профессоров, покидают Московский университет. В том же году Гернет избирается профессором уголовного права в Петербургском психоневрологическом институте, где работает в течение восьми лет.
В 1916 году Михаил Николаевич Гернет получает премию Академии наук за монографию «Преступление и борьба с ним в связи с эволюцией общества», опубликованную двумя годами ранее.
После революции 1917 года Гернет возглавляет созданное им Бюро помощи уголовникам, освобождённым по амнистии, и становится членом Комитета помощи освобождённым политическим заключённым. В 1918 году он становится профессором юридического факультета 1-го Московского государственного университета.
С 1919 по 1931 год Михаил Гернет совмещает научную и общественно-политическую деятельность: он работает профессором кафедры уголовного права, возглавляет работу в музее криминологии 1-го МГУ, заведует отделом моральной статистики Центрального статистического управления РСФСР-СССР и консультирует Наркомпрос.
В 1928 году Гернет становится первым среди российских юристов заслуженным деятелем науки РСФСР за «большие заслуги перед советским народом и социалистическим государством» в связи с 30-летием научно-педагогической деятельности.
В 1930-е годы зрение учёного начало ухудшаться, а затем он полностью ослеп. Это серьёзно осложнило его научную и педагогическую деятельность, но он продолжал упорно работать. Всё это время его опорой была его жена А. В. Гернет, которая внесла значительный вклад в подготовку научных работ, созданных учёным в этот период.
Помимо научной и педагогической работы, Михаил Николаевич продолжал помогать Московскому уголовному розыску, составляя для него обзоры иностранной литературы по проблемам преступности и борьбы с ней. 29 июня 1936 года Академия наук СССР признала неоценимый вклад профессора Гернета в отечественную правовую науку и присвоила ему степень доктора государственных и правовых наук без защиты диссертации.
Во время войны и после неё Гернет работал над своей самой крупной монографией «История царской тюрьмы». При создании этого труда Михаил Николаевич использовал оригинальные архивные материалы и лично исследовал места заключения, несмотря на потерю зрения.
В 1944 году Гернет был награждён орденом Трудового Красного Знамени в связи с его 70-летием.
В 1946 году до завершения Нюрнбергского процесса была опубликована работа Михаила Гернета «Преступления гитлеровцев против человечности» – его ответ на войну. В ней автор анализирует понятие преступлений против человечности, разоблачает человеконенавистническую сущность расовой теории и описывает конкретные факты зверств нацистов на оккупированных территориях.
Михаил Николаевич Гернет является автором более 350 научных трудов в области криминологии, уголовного права, уголовной статистики и пенитенциарного права. Его самая значительная работа – «История царской тюрьмы» в пяти томах, за которую он получил Сталинскую премию в 1947 году. Этот труд учёный посвятил своей жене, которая записала его со слов мужа. Она также составила библиографию научных трудов Гернета.
«История царской тюрьмы» до сих пор остаётся самым масштабным систематическим исследованием истории царской пенитенциарной системы.
Михаил Николаевич Гернет скончался 16 января 1953 года.
