Решение о сооружении батареи было принято перед 1-й мировой войной. Строительство началось в 1913 году, однако уже через 5 лет работы были прекращены, а уже готовые башни, установки и механизмы установлены в береговых укреплениях г. Ревель (современный Таллинн). Строительство продолжилось после окончания гражданской войны, и было завершено в 1927 году.
Первые боевые выстрелы 35-я ББ осуществила 7 ноября 1941 года, в начале обороны Севастополя. За два месяца артиллеристы произвели более 300 выстрелов каждым орудием, в то время как технологическая норма предусматривала 200, это привело к полному износу орудийных стволов. Позже из строя вышла и 2-я башня береговой батареи.
В конце июня 1942 года 35-я ББ стала местом дислокации командных пунктов Приморской армии. Сюда со всего города сходились последние защитники города и мирное население. Именно отсюда шла эвакуация из осажденного Севастополя. Последним командиром батареи был Алексей Лещенко, ему было поручено организовать прикрытие эвакуации и после израсходования боезапаса взорвать орудия и механизмы. 1 июля 2-я башня произвела обстрел практическими снарядами немецкой 72-й пехотной дивизии, атакующей в районе мыса Фиолент, так как боевые на тот момент уже закончились. Последний раз батарея нанесла удар в упор шрапнелью по врагу в район Камышовой балки. В ночь с 1 на 2 июля были подорваны обе башни и силовая станция. Потерны и большинство помещений орудийных блоков не были разрушены и вплоть до 12 июля 1942 года продолжали служить укрытием для последних сопротивлявшихся защитников Севастополя.
С 2007 года на территории батареи находится музейный историко-мемориальный комплекс «35-я береговая батарея». Экспозиция музея размещена в казематах береговой батареи № 35, экспонаты которой рассказывают об истории создания батареи, и ее участии в героической обороне Севастополя 1941-1942 гг., о событиях, связанных с последними боями на мысе Херсонес, судьбах бойцов и командиров.
Музейная экспозиция разделена на три экскурсионных маршрута. Заканчиваются экскурсии посещением Пантеона памяти. Свободное посещение экспозиции запрещено, вход только по предъявлению входного билета. Они бесплатные.